理想は、書庫の文書をすべて目録化し、システムに組み込んだ上で、運用を開始することでしょう。なぜなら、過去の文書の所在をすぐに検索でき、システムを使う効果がより大きく実感できるからです。
しかし、予算や人手、時間の関係でそううまくはいかない場合が多いのも事実です。だからといって立ち止まる必要はありません。
システム運用を開始してから、書庫の目録は後から随時追加していくという方法もあるでしょう。目録化をアウトソーシングすることもできます。また、いきなりの新システム導入に抵抗感がある場合は、意識改革に重きを置いて、ルール作りや研修を実施することから始めるのも良いでしょう。
どれが正解という事はありません。
その組織の意識文化や職員の負担の度合、組織の規模によっても状況は変わってくるはずです。
重要なのは、思い描く管理方法になるように、今できることから始めることです。